162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_R0160 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna037  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna152  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.696171  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2454  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00245  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01015  tRNA-Trp  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0110  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0033  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0301909  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0159  tRNA-Trp  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3214t  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3141t  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.57879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1114t  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143178  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0361577  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0024  tRNA-Trp  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0029  tRNA-Trp  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.263446 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>