206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0016 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  93.22 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.8 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  92 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>