280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0013 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  89.71 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>