182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Trp-1 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0021  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000328782  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0011  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1323  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000340383  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>