More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0011 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA38  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.997102 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00037699  normal  0.0920861 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0033  tRNA-Trp  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.076955  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  88.46 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0039  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.319425  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1220  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.28673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0013  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00144283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0029  tRNA-Trp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt08  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0011  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>