280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_R0031 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  92.11 
 
 
78 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  96.55 
 
 
73 bp  99.6  9e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  94.83 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  95.92 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  94.12 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  94.12 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  94.12 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  94 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  94 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  94 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  94 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  95.35 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  95.35 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  95.35 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  95.35 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.16 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  95.35 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0010  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000288959  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0010  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000948194  hitchhiker  0.0000000000358204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>