177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Trp-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0024  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0644  tRNA-Trp  92.16 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0069  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.053758  normal  0.217962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0056  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000539051  hitchhiker  0.00000061984 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0015  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>