298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0030 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0034  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0047  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.361519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0023  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.35633 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0546  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00878444  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0052  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000241961  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0038  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>