173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0054 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  98.04 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01680  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0078  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0033  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.773389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0062  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.209249  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0024  tRNA-Leu  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304311  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0078  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0019  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.475559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0084  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>