160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0003 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>