More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Met-3 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  92.54 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  85.14 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>