238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0051 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  98.18 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  98.18 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  97.06 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0026  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.1113400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  94.29 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0015  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000155913  normal  0.449065 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0066  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000415256  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t17  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA18  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R76  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121192  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.759333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.93116  normal  0.348854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>