More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0023 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000556498  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  87.5 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  85.71 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>