291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0026 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  93.65 
 
 		 79 bp  93.7  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0074  tRNA-Met  86.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0565222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.96 
 
 		 80 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>