276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_R0041 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  93.22 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  93.1 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  93.1 
 
 
79 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0041  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0035  tRNA-Ile  89.06 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  91.07 
 
 
80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  91.53 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  91.53 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  91.53 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  91.53 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  91.53 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.54 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0095  tRNA-Ile  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  87.93 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  96.88 
 
 
74 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0023  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000976194  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0043  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.22018 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0010  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0369476  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0040  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000178667  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  86.44 
 
 
74 bp  54  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt016  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0660  tRNA-Ile  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.834568  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0016  tRNA-Met  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.562679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>