127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0033 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0052  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0052  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.52519  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  94.34 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0051  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00732505  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0565  tRNA-Met  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5722  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00777466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000949861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-8  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.657815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-4  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000411015  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0084  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0129  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000915038  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0133  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5024  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5809  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00220616  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0222  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000871168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4993  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-7  tRNA-Met  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000084992  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0074  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0141548  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R17  tRNA-Met  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-2  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.582141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0033  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0008  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.745239  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0042  tRNA-Met  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  100 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>