161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0007 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  89.47 
 
 		 80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1265  tRNA-Met  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00276472  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1768  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  hitchhiker  0.00809166 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2264  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.716137  hitchhiker  0.00000000422113 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14040  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  87.32 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2796  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.466564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  87.32 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  87.32 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  87.32 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0035  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26570  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000438766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1850  tRNA-Met  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00244712  hitchhiker  0.00000000792688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3149  tRNA-Met  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000320663  hitchhiker  0.0000000000372776 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>