197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0039 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  98.44 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  93.06 
 
 
77 bp  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  96.61 
 
 
77 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  93.85 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  91.04 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  89.86 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0039  tRNA-Met  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.474012  normal  0.0104027 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.14 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  92.16 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  86.67 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  90.2 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  88.52 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  94.59 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  88.52 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  89.29 
 
 
78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  89.29 
 
 
78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  87.5 
 
 
80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  93.18 
 
 
76 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  93.18 
 
 
76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  89.29 
 
 
78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  89.29 
 
 
78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  89.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>