106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0041 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0039  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.474012  normal  0.0104027 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1973  hypothetical protein  97.83 
 
 		 318 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R35  tRNA-Lys  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0056  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>