215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0043 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0039  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.474012  normal  0.0104027 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  95.45 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1973  hypothetical protein  95.74 
 
 		 318 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0023  tRNA-Met  90.7 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R35  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>