229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_R0028 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  89.09 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  86.21 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0005  tRNA-Met  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00185715  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>