296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0047 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  RSPH17029_0a  tRNA-OTHER  100 
 
 
73 bp  93.7  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.158501  normal  0.0385896 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  93.44 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  90.62 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  90.62 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  95.65 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  95.65 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  95.45 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  93.48 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  88.71 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  93.48 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1585  tRNA-Ile  89.47 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0047  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t33  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.332244  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t38  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00741229  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0011  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  88.52 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  88.52 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1793  tRNA-Ile  89.47 
 
 
79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00299619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0065  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00143134  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  87.69 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  87.67 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0035  tRNA-Ile  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.849815  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0071  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.741425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>