140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0043 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0001  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0473028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00553627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.16456  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0046  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0054  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0044  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>