209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_3233 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  97.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0014  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.58788  hitchhiker  0.00239858 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>