More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0041 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0076  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41661  normal  0.163514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0071  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0421157  hitchhiker  0.003467 
 
 
-
 
NC_003295  RS04002  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000208325  normal  0.100759 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0012  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0061328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0013  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0641793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0338  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.12303  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0083  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.456541  normal  0.8786 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0120  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0002  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.099087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0148  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530718  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2817  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510108  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0017  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143613  normal  0.44726 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0017  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000270775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0018  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000139962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0013  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00193967  normal  0.0198521 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2342  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108735  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0050  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00633493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0010  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00296143  hitchhiker  0.00854354 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0076  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.373863  normal  0.566101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0140  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0076  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000822229  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2266  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.279607  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0073  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.576385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0020  tRNA-Lys  93.62 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  93.48 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  88.89 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>