224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0052 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  97.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  87.72 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0031  tRNA-OTHER  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000562516 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0738  tRNA-Phe  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  87.93 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>