85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0042 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  98.36 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1035  hypothetical protein  100 
 
 		 252 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.413701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06650  tRNA-Met  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0162553  normal  0.0748507 
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09430  tRNA-Met  89.66 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0004  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0763324 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0005  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0084  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0001  tRNA-Met  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.699138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0025  tRNA-Met  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0021  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0027  tRNA-Met  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.443225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0024  tRNA-Met  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000288853 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>