39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0025 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138308 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0032  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.262491 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0013  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0024  tRNA-Met  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0021  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000328782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>