299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0047 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  94.81 
 
 
76 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  94.92 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  97.96 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  92.98 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  97.67 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  88.16 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  90.48 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0514  tRNA-Lys  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000173977  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  95.24 
 
 
80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  91.84 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06650  tRNA-Met  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0162553  normal  0.0748507 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09430  tRNA-Met  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  96.97 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  86.89 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.44 
 
 
75 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  90.7 
 
 
77 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  84.29 
 
 
77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  92.86 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>