164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0047 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  91.07 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0495998  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0025  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.132615  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  90 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0671  tRNA-Met  91.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131694  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>