278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_t02 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  98.31 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  94.03 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0410  hypothetical protein  97.83 
 
 		 282 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  86.89 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  94.12 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>