297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0028 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  97.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0043  tRNA-Phe  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.57647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t03  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.485115  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0029  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0004  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0264  tRNA-Phe  90.91 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00100178  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0080  tRNA-Phe  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000484766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4594  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0005  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497838 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  97.22 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>