145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0005 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0097  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0014  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.289173  normal  0.197708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  86.44 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0034  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0899378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>