291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0050 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0026  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.000000000000595128  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  89.06 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0044  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0077  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.171478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0044  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna1  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0020  tRNA-Met  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0126987  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0035  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt17  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0128  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000459259  normal  0.192833 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0026  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000983992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0034  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000193112  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>