150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0021 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0021  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.715825 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0002  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.452925 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  88 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna28  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.751931  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  86.44 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.124982  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1706  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1713  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1726  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>