299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0050 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  97.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  89.47 
 
 		 80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  89.29 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  89.29 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  89.29 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>