174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0018 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  94.81 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  94.81 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  96.49 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1265  tRNA-Met  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00276472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1768  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  hitchhiker  0.00809166 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  95.83 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2264  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.716137  hitchhiker  0.00000000422113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2796  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.466564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>