165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0029 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0033  tRNA-Met  93.33 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06650  tRNA-Met  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0162553  normal  0.0748507 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09430  tRNA-Met  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0024  tRNA-Met  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0076  tRNA-Met  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.607006 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0035  tRNA-Met  95.35 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000027338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0045  tRNA-Met  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0039  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.474012  normal  0.0104027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0011  tRNA-OTHER  100 
 
 		 119 bp  56  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0026  tRNA-OTHER  100 
 
 		 101 bp  56  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0025  tRNA-Met  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138308 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0021  tRNA-Lys  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.360576 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0024  tRNA-OTHER  100 
 
 		 101 bp  56  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 101 bp  56  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.371557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0036  tRNA-OTHER  100 
 
 		 99 bp  56  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0039  tRNA-Ile  100 
 
 		 92 bp  54  0.000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0066  tRNA-Met  93.02 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  88.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R35  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0015  tRNA-Met  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000205808  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>