165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01505 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0007  tRNA-Met  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0042  tRNA-Met  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0042  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna2  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.119286  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0012  tRNA-Met  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097362  normal  0.0784713 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0007  tRNA-Met  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_641  tRNA-Met  85.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000945354  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0015  tRNA-Met  85.71 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000125426  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-2  tRNA-Met  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000219086  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  89.8 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  89.8 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0024  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 101 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0036  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 99 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1973  hypothetical protein  87.5 
 
 		 318 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0011  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 119 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0026  tRNA-OTHER  96.43 
 
 		 101 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0026  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 101 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.371557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0021  tRNA-Lys  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.360576 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>