58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0023 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0032  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0441272 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0029  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0009  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.175889 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0043  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00110429  normal  0.148154 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0049  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0160007  hitchhiker  0.00825828 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  90 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0036  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 99 bp  44.1  0.005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0011  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 119 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0026  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 101 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0034  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0021  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.360576 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0024  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 101 bp  44.1  0.005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0026  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 101 bp  44.1  0.005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.371557  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>