141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1371 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  96.72 
 
 
73 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  98.21 
 
 
76 bp  103  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  98.21 
 
 
76 bp  103  5e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  96.61 
 
 
73 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  96.43 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  96.43 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  96.43 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0029  tRNA-Arg  96.23 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0023  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0018  tRNA-Arg  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.594748  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09170  tRNA-Arg  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.155256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  87.88 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  88.71 
 
 
77 bp  60  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0037  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  86.89 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  54  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0046  tRNA-Gly  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000127996  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  89.36 
 
 
77 bp  54  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  88.14 
 
 
75 bp  54  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0034  tRNA-Arg  86.36 
 
 
78 bp  54  0.000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  92.11 
 
 
75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  94.12 
 
 
76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0073  tRNA-Arg  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  85.96 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  85.96 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1779  Integrase catalytic region  100 
 
 
1137 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.182461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  87.72 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0036  tRNA-Arg  88.89 
 
 
78 bp  50.1  0.00007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.633015  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  87.72 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  88.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0013  tRNA-OTHER  91.67 
 
 
101 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  87.5 
 
 
78 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0007  tRNA-Arg  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0009  tRNA-Arg  86.54 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0046  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000377895  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.44 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.298901  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000321516  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  84.13 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0003  tRNA-Arg  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0032  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>