75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0006 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0034  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0012  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108996  unclonable  0.0000000137138 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09170  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.155256 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0018  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.594748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>