72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2735 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0034  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.904479  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0017  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.121819  normal  0.240966 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0798313  hitchhiker  0.000168441 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2262  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54251  hitchhiker  0.00000000419015 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>