More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_R0034 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  95.89 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  94.92 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  97.87 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  97.87 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  89.86 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  94.34 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  89.86 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  94.34 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  89.86 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  92.59 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  92.45 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  93.88 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  97.56 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  92.31 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  97.44 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  95.74 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  88.52 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  90.57 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  97.22 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  97.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>