298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0038 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>