299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_R0045 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1333  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00705327  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  90.38 
 
 		 324 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>