299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_R0040 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  96.61 
 
 		 324 bp  93.7  6e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 73 bp  93.7  6e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  92.42 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0062  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.534702 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>