299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0030 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01275  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna130  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 69 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03660  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.018948  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>