264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna24 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0082  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 69 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R67  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0322205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0048  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0064  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0018  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.574082  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>