172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0053 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 69 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna130  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01275  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R67  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0322205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t078  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t032  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0055  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.782572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0051  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0053  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.396144 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>